西暦2199年、地球は宇宙人・ガミラス帝国の侵略を受けていた。ガミラスは冥王星に前線基地を建設し、地球に対して遊星爆弾による無差別攻撃を加えていた。海は蒸発し地球は赤茶けた姿に変貌し、放射能汚染で地上の生物は死滅する。人類は地下都市を建設し、地球防衛軍を結成して抵抗を続けていたが、科学力の差の前になす術もなく、地下にも放射能汚染が進行し、人類の絶滅まであと一年余りと迫っていた。                                    
                               　　最後の地球防衛艦隊が、冥王星空域でのガミラス宇宙艦隊との交戦で壊滅し、人類生存の希望は完全に潰えたかに見えた。しかし、この海戦の最中に外宇宙から飛来した一隻の宇宙船が火星に不時着、通信カプセルが回収される。その中にはイスカンダルから、「放射能除去装置・コスモクリーナーDを受け取りに来るように」との救援メッセージと、航海に必要な波動エンジンの設計図が納められていた。極秘裏に宇宙戦艦へと改造中だったヤマトに波動エンジンが搭載され、目的が地球脱出から放射能除去装置・コスモクリーナーDの受け取りに変わる。                                    
                               　　14万8千光年の彼方、大マゼラン星雲のイスカンダル星に向け、1年以内に帰還しなければ人類滅亡という状況下、宇宙戦艦ヤマトは人類最後の希望を託されて発進する。                                    
                               　　ヤマトはガミラス帝国と戦い、未知の宇宙空間における障害を乗り越えながら、イスカンダル星を目指して行く。                         

　　===Silent Möbius 2 劇場版（下篇）===
　　故事是上一集劇場版的連續，繼續以2024年為背景。母親死後，香津美的心裡未能接受父親的遺產 -『魔法』、母親的死去、平凡生活的完結、及被迫加入AMP等等的事情。一臉怒火地就向AMP等人發泄，卻不得要令。心灰意冷的她意圖放棄自己，卻在這時遇到了生命中的注定的好友 - 彩弧由貴。由貴的熱心支持使她重拾做人的信念，最後接受了自己的命運。

　　西元2003年5月，金星相隔3千年后再度与巨大冰状行星冲撞，厚实的碳酸大气层因此遭到破坏，接着地表开始产生酸性海洋，并出现了地球型的大气层。人类随即开始着手金星的地球化以及移民计划，并于2018年（金星历元年）将首批移民团送至伊修塔尔大陆，但由于金星的土地却超乎想像的贫瘠，于是人们又再度为了争夺土地而掀起战端。金星历72年，金星被分割成伊修塔尔与爱芙罗黛蒂两大自治州，第二、三批移民团也相继抵达，独立通信社记者，苏珊．索玛兹亦是其中之一。此时，让金星的人们最感到热衷的就是在爱芙罗黛蒂的首都．伊娥市所进行的机车大赛“绕圈赛”；参赛车队之一的“杀手突击队”在蜜兰达的领导下，希洛、玛姬等人也都有相当优异的表现。某日在比赛的途中，突然出现了数百辆的伊修塔尔重型战车“章鱼”，伊娥市因而遭到占领，希洛等人也遭受到了迫害，后来“杀手突击队”的这群年轻人终于挺身而出，试图抵抗这群侵略者。拯救了希洛的爱芙罗黛蒂军游击队“猎犬”队长．卡兹上尉，送给了希洛一部特殊机车武器“猎犬”。在不安与绝望之中，希洛、玛姬、蜜兰达等人也接连地被卷入这场战争……

　　描写的是从宇宙历七九五年、帝国历四八六年十月的第三次迪亚马特会战到宇宙历七九六年、帝国历四八七年二月的亚斯提会战之间的情节。帝国军的年轻上将莱因哈特和同盟军的不败英雄杨威利在片中初次显示了他们的实力。它的配乐采用了交响乐来衬托其气势，舰队对战时声势甚为浩大。                                    
                               　　片中还穿插了杨、拉普和洁西卡的三角关系。除此以外，基本上是正传的1、2集的重复与补充。                         

　　君主制国家威斯帕尼亚王国因发现奇妙的矿石而引起世界关注，然而此时却发生悲惨事件，该国女王萨克拉•阿尔蒂亚和王子吉尔•加乌尔突发意外身亡。公主米拉•朱丽叶拒绝继承王位，与此同时国内也掀起反对米拉合要求取消君主制的狂潮。在这种纷乱的情况下，米拉和奇斯伯爵出访日本。在公主的欢迎宴会上，米兰险遭暗算，无法忍受这一切的她偷偷逃了出去，却在日本街头遭遇与自己长相一样的小兰，渴望正常人生活的米拉于是和小兰互换了身份。倍感蹊跷的柯南偷偷展开调查，而另一方面，大盗鲁邦三世潜入威斯帕尼亚企图偷窃该国世代相传的钻石王冠。事态变得混乱起来……                                    
　　本片为日本电视台开播55周年和读卖电视台开播50周年共同纪念作品。

　　∴朝日新聞東京本社創刊１００周年／テレビ朝日開局３０周年／日本ヘラルド映画創立３０周年記念作品。

杀手骷髅13被雇佣杀死石油大王之子，任务顺利完成。没想到行动过后却引发了另一场腥风血雨，世界各地的杀手们被一个神秘人物操纵，开始向骷髅13发起了进攻。他身边的好友依次被暗杀，与世界为敌的骷髅是否能赢这场胜率近乎0%的战争呢？