这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。
50名体验者刚分别进入一个外型酷似蚕茧的“大型胶囊”，游戏即被自称“诺亚方舟”的人工智能控制，“诺亚方舟”称游戏将提供5个完全真实的历史场景，体验者可选择其中之一进入，被淘汰会进入休眠状态，若最后无人走到终点，他们的大脑组织皆会被摧毁，此举是为令日本社会重生。柯南一行及几个骄横无礼的上流社会公子哥进入的是19世纪伦敦的贝克街，那里杀人犯开膛手杰克正在兴风作浪，他身上正有柯南要找的答案！而优作也在现实中正对案件展开调查。
银河鲸鱼并非像传闻中那样是无意识的植物生命体，它们有着人类无法理解的高智慧。
特别是其中一条最大的白鲸，它永远在伫列中保护同伴。
鲸鱼每年回游是来为同伴送葬，他们中活满七千岁的要降落在“鲸鱼的坟场”化为无机能量。
而白鲸则是同伴的守护使者，它违背了七千岁的规律已经活了几百万年之久......
在银河边缘的 67 惑星域，有一颗小小的卓拉星。
每年固定的时间，“银河鲸鱼”就成群地向这里回游，成为这里一个着名的景观。
所谓“鲸鱼”并不是指那些海洋中的哺乳类，“银河鲸鱼”是一种类似大型真菌的植物体。
在它们的身体里充斥着大量的能量体，是上佳的宇宙船燃料。
也因此它们成为偷猎者竞相追逐的目标。
在卓拉星的鲸鱼回游季节里每年都会有大批的偷猎者赶来，为了利益，他们不惜与当地宇宙防卫队战斗。
他们驾驶着老旧的变形战机（多是 VF-1）冲向鲸群。
就在这样一个多事的季节里，手拿吉它的问题少年来到了卓拉，他就是“火焰乐队”的巴萨拉......
秋天来了。秋名86改装了涡轮增压引擎并击败了秋山涉之后的某一天，高桥凉介突然来访，并向拓海提出了加盟的邀请，希望能集合群马县的高手，向全国的山路进行挑战，拓海犹豫着，并没有马上答应高桥凉介的邀请，他觉得在自己还有其它的一些事情需要解决。首先，拓海前往日光，挑战帝皇队的须藤京一，进行了激烈的比赛，在那曲折迂回的伊波吕山道上，先行的拓海并没有让须藤京一超越，似乎是拓海赢了，但是拓海认为自己仅仅是与须藤京一打成平手，而这就让他感到很满足了。
几天之后，同样是日光的车手小柏前来秋名对拓海进行挑战。小柏本来的对手是须藤京一，但是却被拓海抢先打败了，所以小柏自然将目标转移到拓海上。同时，小柏的父亲与拓海的父亲竟然是老对手!一场两代人之间的恩怨就在伊波吕山道上展开……小柏利用山道的转角进行跳跃(就是从上面的山道，不走正确的行车线，而直接利用高度差跃过转角到下一条山道)在中段超越了拓海，但是拓海迅速掌握了这种疯狂的行驶方法，在最后一段的路程中以沟渠行车法赶上与小柏并行，在终点前，小柏的赛车因为路面的落叶而打滑，拓海仅以一线之差赢得这场比赛……
在拓海困惑于毕业后的路向时，他与茂木夏树的态度也开始发生了转变，由于得知茂木夏树与开平治的男人有援助交际之后而疏远了茂木的拓海，在茂木夏树的努力下终于言归于好。然而拓海的同校前辈，足球队的御木(也就是在中一的时候给拓海打的那个)在圣诞假期回到秋名，并强行带走了茂木夏树以求再续前缘，在接到茂木夏树的求救电话后，拓海驾驶着86与御木的LANEVO3在雪地的秋名山进行一场剧斗，终于救回了茂木夏树。在回程中，茂木夏树终于向拓海说出了自己内心的想法……
终于到了春天，高中毕业了，竹内树成为了GS油站的正式员工，茂木夏树到了东京读书，而拓海在秋名湖边，向茂木夏树说出自己希望成为职业车手，向最快最强的赛车手进军的理想……
Project D计划……正逐渐的开展当中……
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