小新在河边无意间捡到一颗弹珠,看它很闪亮于是就捡回家里。没想到却被小葵吞进肚子里。这下糟了,原来这颗弹珠是珠由良族与珠黄泉族在争夺的魔人贾克的珠珠,珠黄泉族的首领玉王想要利用贾克的魔力征服世界。就这样,小新一家人卷入两族人的争夺战中,小葵被玉王绑架走了,大家为了保护小葵,费尽心力…最后平安的救出小葵,小新却在无意间,将两颗珠珠放进封印贾克的人俑里,魔人贾克被释放出来了......
某日,小新(矢岛晶子 配音)、小葵和美伢(楢桥美纪 配音)被一群神秘人物绑架,醒来之后发现身处一间神秘的基地之内,原来,这里是名为“温泉G组”的秘密组织,意在保护对于日本来说十分珍贵的温泉。然而,横空出世的污垢达人博士(家弓家正 配音)企图利用“地球温泉计划”将温泉G组彻底击垮。
唯一能够阻止污垢达人博士的阴谋的,就只有仅存在于传说之中的“黄金之魂温泉”,而组员们经过调查,发现该温泉正好处于小新他们家地下。小新一家人决定帮助温泉G组的同胞们找到黄金之魂温泉,却遭到了污垢达人博士的袭击,并且最终沦为俘虏遭受了酷刑。
某日,双叶幼稚园的孩子们正在船屋里愉快的玩耍,一位名叫美色(三石琴乃 配音)的神秘人物忽然现身,紧接着,一艘巨大的飞船将船屋整个抓了起来,来不及逃跑的风间(真柴摩利 配音)和小新(矢岛晶子 配音)等人和飞船一起消失在了空中。
小新的失踪令美伢(楢桥美纪 配音)和广志(藤原启治 配音)感到十分焦急,就在此时,一名代号肌肉(玄田哲章 配音)的男子出现在了两人的身边,很显然,肌肉知道小新的下落和整件事情的来龙去脉,但肌肉并不愿意带着美伢和广志去寻找小新。追寻着细微的线索,美伢和广志得知小新身在香港,两人前往香港,在那里又遇见了肌肉,一行人前往神秘组织“猪蹄组”的老巢。