在美丽的阿斯卡岛上，流传着这样一个传说：数千年前，岛民极为害怕红色满月的出现。为了消除恐慌，神赐予岛上的国王盾牌和七星剑，然而当七星剑和红色满月同时出现时，黑暗便会支配整个大地。暂时落脚阿斯卡岛的草帽海贼团遭到海军追捕，而此时原本守护船只的索隆却离奇消失。在娜美的坚持下，众人重返小岛，却来到一个陌生所在，继而遇见持有三颗美玉的美丽少女玛雅。另一方面，索隆在岛上的海军道场重逢当年的盟友萨卡。由于玛雅的关系，索隆和香吉士大打出手。而这一切，都和萨卡手中持有的七星剑有关。这把传说中的宝剑，其所隐藏的秘密渐渐浮出水面……

曾经潇洒快活的草帽海贼团，如今因为路飞的大胃口也过上了入不敷出的拮据日子。迫于生计，他们求助于酒吧老板。而老板则指引他们走入一条深不见底的隧道。为了糊口，众人不顾死活向洞穴深处走去。到了尽头，他们来到一个空间甚为开阔的场所，这里云集了无数的海盗团伙。原来，近期正要举行海盗大赛。所谓海盗大赛，是几年才会举行的海盗王者的航行比赛，优胜者将有丰厚的奖金，与之相伴则是莫大的生命危险。巨额的奖金让路飞等人忘记危险，他们毅然报名参加。本次比赛不仅有巨人族、鱼人族，还有头号种子选手——令人望而生畏的加斯帕迪。这势必是一场精彩刺激的海盗大对决……

　　正是狂风暴雨时节，路飞、娜美、索隆等人登上一艘行将沉没的海盗船，并发现一个巨大的藏宝箱。众人费了九牛二虎之力，终于将箱子带回梅利号。结果发现，箱子里没有任何金银财宝，而是一个长相怪异且有些脱线的老太婆。老太婆唯恐路飞他们杀掉自己，于是许诺愿用金冠的秘密交换的生命。所谓金冠，传说是一顶价值连城的王冠，只有真正的海之王才能拥有。路飞相信了老太婆的话，于是扬帆朝目标之地挺进。
　　众人来至老太婆所住的机械岛，然而老太婆的儿子兰切特以为路飞等人是劫持了自己母亲的盗贼。他一面救回母亲，一面利用其研制的机械巨兵向梅利号展开攻击。寻找金冠的道路上危机重重……

　　沙漠之国阿拉巴斯坦，虽然当地气候恶劣，但是国王寇布拉爱民如子，为了将国家建设成美丽的绿洲始终和百姓不懈努力。然而就在两年前，奇怪的现象离间了国王和百姓的关系。因为容易引起纷争，世界各国已严禁使用名为Dance Powder的降雨粉。但是阿拉巴斯坦曾大量购入Dance Power，在此之后，除国王所居住的阿鲁巴纳降雨正常外，该国其他区域全部为干旱所统治。一些民众认为寇布拉为己牟利，在克罗克塔尔的煽动下，反叛军揭竿而起，国家危在旦夕。
　　寇布拉的女儿微微公主逃离国家，与路飞等人结伴而行。他们偶然遇见了会变换各种容貌的孟德勒，从而得知克罗克塔尔的阴谋。海盗团扬帆起航，向阿拉巴斯坦进军，一场沙漠大冒险就此展开……

　　平静明媚的一天，大海上突然传来路飞（田中真弓 配音）撕心裂肺的哀号，原来在他睡觉的时候，他最最钟爱的那顶草帽竟然不翼而飞。了解到草帽的重要意义，草帽海贼团的伙伴们齐心协力帮他寻找。在这一过程中，乔巴等人还救助了一个奄奄一息的老海贼（山口智充 配音）。不久，众人发现一只奇怪的秃鹫叼着路飞的草帽在空中盘旋，于是众人从天上到海上展开了一场大追逐。与此同时，海军也集结了最强大的力量围捕草帽海贼团。为了一顶草帽，空前绝后的战争由此上演……
　　本片为漫画家尾田荣一郎原著《海贼王》第11部剧场版动画，首次采用3D制作，与3D版《美味猎人》同时公映。

　　ルフィが大冒険を始めるきっかけとなったシャンクスとの10年前の誓いや、ゾロ・ナミ・ウソップ・サンジとの出会いから仲間になるまでの名場面が続々登場！
　　またルフィが５人と出会った時、チョッパー・ロビン・フランキー・ブルックは何をしていたのか！？原作の扉絵の一部をエンドロールで初アニメ化します！