东京、大阪、京都相继发生杀人事件,5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查,发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名,以义经的家臣名字互相称呼,且都持有一本《义经记》,被害5人手中的《义经记》均被拿走。
这日京都古寺山能寺收到奇怪书信,说若能解开信中所附的画谜,便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺,均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加,服部也来到京都对案件秘密展开调查,并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时,发现有人想置服部于死地,紧接“源氏萤”另一成员被害,而这一切,似乎又都与画谜有关。
世纪末即将来临,然而,这究竟是地球新的开始,亦或是真正的末日呢?这一切都掌握在“天龙”和“地龙”的手中。平凡而冷漠的少年司狼神威(铃村健一 配音)在某一日拔出了封印在地底的神剑,与此同时,他即将面临一个困难的选择——保护地球成为“天龙”,或是毁灭地球成为“地龙”。14名谜样的男女聚集到了东京的土地上,他们分别是天龙七封印和地龙七御史,这14名身世复杂的男女要为了争夺地球而展开一场残酷的战斗。
神威选择了成为天龙,而出现在他眼前的,地龙的首领居然是自己儿时的挚友桃生封真(诹访部顺一 配音),封真当着神威的面杀死了自己的妹妹小鸟(能登麻美子 配音),从此,两人之间的宿命开始了流转。天龙节节败退,最后仅剩东京铁塔上的结界还在维持着运作,而当此结界被打破时,就是地球的终结之日。被预言必将失败的神威,能否扭转地球的命运?
君主制国家威斯帕尼亚王国因发现奇妙的矿石而引起世界关注,然而此时却发生悲惨事件,该国女王萨克拉•阿尔蒂亚和王子吉尔•加乌尔突发意外身亡。公主米拉•朱丽叶拒绝继承王位,与此同时国内也掀起反对米拉合要求取消君主制的狂潮。在这种纷乱的情况下,米拉和奇斯伯爵出访日本。在公主的欢迎宴会上,米兰险遭暗算,无法忍受这一切的她偷偷逃了出去,却在日本街头遭遇与自己长相一样的小兰,渴望正常人生活的米拉于是和小兰互换了身份。倍感蹊跷的柯南偷偷展开调查,而另一方面,大盗鲁邦三世潜入威斯帕尼亚企图偷窃该国世代相传的钻石王冠。事态变得混乱起来……
本片为日本电视台开播55周年和读卖电视台开播50周年共同纪念作品。