影片讲述了小橘子吉星为了捍卫水果村,成长为水果英雄的故事。吉星所住的地方是隐藏在茂盛森林中的一个神秘村落,村落名叫水果村,那里的村民都不被外界打扰,幸福快乐地生活着。这天的课上,桃老师讲述了30年前,恶虫从森林里出来,袭击水果村的事。放学后,想当水果英雄的吉星对“恶虫”的存在十分兴奋,集齐了朋友们,一起走到了森林之中。在森林中,吉星发现恶虫再度出现了,并在同伴的帮助下击倒了恶虫。从此,恶虫重现,水果与恶虫的攻防战开始了!回到水果村,吉星一行人告诉大家,恶虫重现了!为抵抗恶虫,水果们开始筑围墙。而恶虫那边,巨巫虫派出了变色虫前来刺探敌情,结果变色虫被吉星、美蕉和榴星轻易打败。变色虫回到恶虫基地报告围墙状况,虫博士开始研制破坏围墙的工具。隔天,恶虫全体用虫博士的道具越过围墙,来进攻水果村,而与此同时,一头神秘的大怪兽也出现在水果村,水果村腹背受敌,吉星到底如何才能化解危机拯救水果村呢?
三剑客成功拯救完水果世界后,由于在花果山大合唱庆祝胜利造成第七层的崩塌,直接伤害到七色彩莲。为求保住彩莲,东方求败被外人蛊惑利用,接受了人类世界的忍术和其他技术去抢救彩莲,但同时也成为了拐带水果们的帮凶。方丈与果姥上山探望东方求败,无意间看出当中端倪,东方求败有灭口之意。三剑客赶到之时,方丈与果姥为保存实力,不单一个装疯扮傻,一个诈死,还出狠招将三剑客打落悬崖,并且疯言疯语,让众人误会三剑客,促使三剑客再无立足之地,必须远走他乡,从而避开东方求败的迫害。
三剑客在小果叮的帮助下捡回一命,重拾斗志誓要查出真相。在小果叮的指示下,各人各尽所长,千方百计寻找莲珠。历经重重苦难,并的机甲在莲珠的洗礼下得到重生,三人不断提升自我,获得新的技能和必杀技,对方也得到力量加强和武器升级,尤其是加上神鬼莫测的忍术,三人多次陷入苦战。三剑客屡败屡战,在失败中成长,反败为胜。女特攻们同样自强不息,一样创出新的招数和技能必杀,来支援三剑客。众人在花果山汇合,迎来与东方求败的终极一战。几经艰辛终于获得胜利,但东方求败的失败并不意味事情结束。
果宝们几经艰辛,终于来到第七层。真正的幕后黑手是外来人类龟太公。单凭众人之力并不足以抗衡。这时,养精蓄锐的老特攻们及时出手,2代特攻通力合作与龟太公周旋。这正正便是方丈和果佬计划好的联合作战计划。在敌我实力悬殊下,众果宝特攻突破自我,进化成黄金7合体,与龟太公决一死战。
降身于夜晚,引得警察手忙脚乱,背着翅膀,这不是怪盗基德,这是怪盗Dark(置鲇龙太郎配音)。沉睡了40年的Dark在高中生丹羽大助(入野自由配音)14岁生日当天借由大助暗恋的女生原田梨纱(浅野真澄配音)的照片苏醒。这在丹羽家是世代守护的秘密。于是,平凡的大助有了二重身份,晚上是窃取艺术品的怪盗,白天是高中生,而Dark的灵魂则寄居在大助的体内。身手灵敏的大助引起了同班同学日渡怜(石田彰配音)的注意和怀疑,总是时不时的找大助麻烦。而大助暗恋的梨纱却对Dark一见钟情。梨纱的双胞胎姐姐梨红(中山真奈美配音)却因为一次意外引起了Dark的注意,进而引起了大助的好感。扑朔迷离的感情走向和危险的临近逐渐把故事推向高潮……