故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C.0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。

　　星历2988，巴兰谢公（田中秀幸 配音）成功研制出新型Fatima（拥有女性外表的机器人）拉克西丝（川村万梨阿 配音）和克罗索（佐久間レイ 配音），他召开盛大华贵的发布会，连传奇整备士雷帝欧斯·苏普（堀川亮 配音）也应邀参加。但在发布会开始前，克罗索在拉克西丝的帮助下逃跑，引起一阵混乱。最终寇拉斯三世（井上和彦 配音）救下克罗索，而后者也将寇拉斯认定为自己的主人。虽则如此，邪恶贪婪的尤巴大公（永井一郎 配音）不愿遭受如此挫败，他时刻企图将克罗索和拉克西丝纳为自己的私人物品。一场关乎贪婪和欲望的争夺……
　　本片根据日本漫画家永野护的同名原作改编。

　　地球聯邦政府與自護公國之間，發生了一場人類首次經歷的大規模宇宙戰爭。在戰爭的最後一年裡，人造機動武器-機動戰士正式投入到人類的戰事中。居住在宇宙植民區的一位少年嘉美尤S為反抗聯邦軍軍人而奪去新型的機動戰士 - 高達MK-II，並投身於反地球聯邦組織『奧干』的行列。被奪去高達MK-II的聯邦軍的精英分子，組織了『泰坦斯』，使用卑劣的手法，脅持了嘉美尤的父母作人質。最後，嘉美尤的父母就在他的面前慘遭毒手。站在嘉美尤旁邊的古華多羅Z納，竟就是以前自護公國的王牌馬沙，而他的夢想就是要令軍隊變得所向無敵。嘉美尤從失去父母的悲傷中重新振作，並為『奧干』作戰，他穿越了大氣層降落到地球上，並遇到一個神秘男子。原來這人就是馬沙以前的死對頭-傳奇人物亞寶?

　　公元1999年，面临人口,资源,环境各方面危机的人类社会终于为携手开创新时代而实现统一，成立地球联邦政府，并发表人类宇宙移民计划。之后为了保证地球圈的安定与和平，2009年，地球联邦军正式建立。2045年，第1号太空殖民卫星开始动工建造，之后陆续又建起许多殖民卫星，并根据宙域将其划分为SIDE1至SIDE7七个区域。当人类开始向最初的卫星移民时，人类历史便进入了宇宙世纪，纪元亦改为宇宙世纪(简称U.C)0001年，那一年地球总人口已突破90亿大关。U.C.0027年，第一座月面永久型都市“冯·布拉文”完工，此后至0040年为止，实现了总人口的40％(约50亿人)向宇宙的移民。0045年，小行星尤诺进入月球轨道并开始周期性稳定运行，后称为路纳Ⅱ(LUNAR2)。0050年，人类总人口已达110亿，其中90亿为宇宙移民。然而，地球联邦政府并未制定确保宇宙移民权利的有力政策，仍然以地球为中心，加上联邦内官僚主义风气日盛，使宇宙移民的不满情绪上涨…

　　公元1999年，面临人口,资源,环境各方面危机的人类社会终于为携手开创新时代而实现统一，成立地球联邦政府，并发表人类宇宙移民计划。之后为了保证地球圈的安定与和平，2009年，地球联邦军正式建立。2045年，第1号太空殖民卫星开始动工建造，之后陆续又建起许多殖民卫星，并根据宙域将其划分为SIDE1至SIDE7七个区域。当人类开始向最初的卫星移民时，人类历史便进入了宇宙世纪，纪元亦改为宇宙世纪(简称U.C)0001年，那一年地球总人口已突破90亿大关。U.C.0027年，第一座月面永久型都市“冯·布拉文”完工，此后至0040年为止，实现了总人口的40％(约50亿人)向宇宙的移民。0045年，小行星尤诺进入月球轨道并开始周期性稳定运行，后称为路纳Ⅱ(LUNAR2)。0050年，人类总人口已达110亿，其中90亿为宇宙移民。然而，地球联邦政府并未制定确保宇宙移民权利的有力政策，仍然以地球为中心，加上联邦内官僚主义风气日盛，使宇宙移民的不满情绪上涨……

　　U.C.（宇宙世纪）0079年，人类向宇宙发展并建立了多个巨大的卫星，让人类能够居住在宇宙中。卫星的居民们不堪忍受地球联邦政府对其剥削和压迫，遂宣布独立，更组建军队与地球联邦政府决一雌雄。在战争中双方先后开发了机动战士并投入战场。NEWTYPE少年阿姆罗·雷无意中驾驶上联邦军新开发的机动战士高达，卷入后来被称为“一年战争”中，并与其宿敌夏亚·阿兹纳布尔相遇。

　　友引高中即将迎来新一年的学园祭，上到老师，下到学生，却都为了这个重要节日而忙碌。虽然应名还有最后一天的准备时间，但是日复一日，年复一年，学园祭开幕式却迟迟未能举行。疲劳的温泉老师从中感到蹊跷，他感到自己与周围的人每年都过着同样的生活，却丝毫未能察觉奇怪之处。温泉将这个想法告诉了樱花老师，两人商议命令天天泡在学校的学生们回家，可是无论如何兜兜转转，面堂等人最终还是回到了学校门口，而留守的温泉老师也就此失踪。经过数日同样的诡异生活，面堂、阿当等人同意与樱花老师成立事件真相纠察小组，大家一同进入了时间和空间分外诡异的友引高中……
　　本片根据漫画家高桥留美子的原作改编，是该系列动画的第二部电影版，导演押井守对影片的全新诠释却引起了原作者的不满。

　　宇宙世紀 0087 年、地球圏の戦乱は混迷を極めていた。連邦軍のエリート組織「ティターンズ」と反地球連邦組織「エゥーゴ」の内戦の最中、エゥーゴを指揮する立場となったクワトロ（シャア）、ティターンズを我が物にしようと目論む“木星帰りの男”シロッコ、そして「ザビ家」復興を掲げるジオン軍残党“アクシズ”の指導者ハマーン・カーン。三つの勢力の地球圏の覇権を賭けた、政略と軍略が絡み合い、戦局は、巨大レーザー砲へと改造されたスペースコロニー、グリプス２を巡る最終局面へと突き進んでいく。
　　戦場では、人々の愛情と憎しみが交錯する。エゥーゴを離れ、ティターンズのシロッコの下へ身を寄せる女レコア。シロッコを慕いながらも、エゥーゴのカミーユたちに惹かれる少女サラ。そんな人々の想いを受け止め、Ｚガンダムは、混迷の戦場を飛ぶ。
　　そして、ついにカミーユは知る。Ｚガンダムの持てる力で倒すべきは誰なのかを――。戦火の果てにカミーユを待ち受ける運命は !?

　　故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。