一次偶然中，普通少女桃子（小林晃子 配音）与黑猫丹尼尔（清水爱 配音）相遇了。昏倒的桃子醒来后发现自己通身雪白，丹尼尔告诉她，她已经成为了能够掌管他人生死的死神。于是，桃子手持镰刀，和丹尼尔一起，开始了她身为死神的第一天。虽然成为了死神，可是桃子的本性依旧是一个天真烂漫的少女，在处理事件的时候，她总是忍不住的要为了当事人的悲伤经历而伤心落泪。在完成工作的过程中，看着当事人或是满足或是遗憾的离开人世，本来懵懂的桃子也渐渐的找到了生命存在的意义。
　　动画改编自作家长谷川启介的同名轻小说，用科幻的方式真实的呈现出人间的种种悲欢离合。因其独特的忧伤的文风，小说和动画在观众群中有着极高的人气。

　　奥尔法兽事件过后，随着时间流逝，御台场地区也渐渐复兴著。
　　“回到日本之后，我就决定一定要去大大的澡堂泡澡！”因为美美这句话，加上为了欢迎新加入的伙伴芽心和缅因猫兽，大家前往附近的温泉主题公园。虽然度过了一段开心的时光，但是这儿并没有阿丈的身影。
　　面对高考临近的事实，他在高考和“被选召的孩子们”的使命之间产生了烦恼。“为什么又必须是我们去面对啊？”
　　这个时候，在御台场再度出现了感染的数码宝贝、这是拥有着高傲灵魂的奥加兽。而看着电视中奥加兽的暴走，美美和巴鲁兽决定出击。“必须要让人们知道，也有好的数码宝贝！”
　　然而，美美和巴鲁兽无视光子郎而参与的战斗，却造成了意想不到的结果。各自怀揣烦恼的阿丈与美美。在月岛综合高中文化祭当天，一个男人出现在了他们面前。
　　如今，冒险再度进化……

　　太一等人因为狮子兽的死产生了动摇，而光子郎则提议找出缅因猫兽被感染的真相。但作为缅因猫兽主人的芽心却想不到为何缅因猫兽会被感染。
　　为了防止其他数码宝贝被感染，光子郎在办公室建立了隔离区，然而巴达兽却已经出现了被感染的征兆……此时，数码宝贝们告知了大家一个有关数码宝贝世界的重大秘密。面对秘密的真相以及再度出现的缅因猫兽，太一等人陷入了苦恼当中，而在各自的想法碰撞中，他们也做出了自己的决断……“如果总是想着总有一天会怎么样的话，那么就不知不觉要成为大人了哦。”现在，冒险再度进化。

　　看到搭档望月芽心被有着玄内样貌的神秘男人所伤，
　　缅因猫兽再度开始暴走。
　　“不能让你诞生在世上…”
　　从现实世界消失的缅因猫兽，正是歪曲本身。是拥有过于巨大力量的，毁灭世界的钥匙——
　　西岛大吾以及出现在望月博士之处的黑客兽，逐渐解明真相。
　　保证世界调和的恒常性将现在变得过于强大的缅因猫兽视为危险，而要将其切除。
　　随着暴走的缅因猫兽的出现，现实世界开始进入毁灭前的倒计时。
　　其所波及的地点接连发生异变。因歪曲而现身的数码宝贝们，等待着那一时刻的来临——
　　被选召的孩子们，受到异常的数码世界排斥，返回现实世界，
　　却因为与搭档数码宝贝在一起而遭到人们的追赶。众人陷入孤立无援却仍然拼命地寻求对策，与此同时芽心独自一人持续烦恼着。
　　同伴和数码宝贝的声音，都传达不到因背负过大的负担而遭受打击的她心中…
　　之后，残酷的命运，甚至逼近了灵魂比任何人都率直纤细的八神光身边——

　　故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。隨後他在「一路順風，哥哥」的送別聲下，騎上腳踏車出門，奔向那片初夏的青空……現在，冒險再度進化……

　　缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。
　　留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。
　　重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。
　　即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。
　　但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒……
　　“所以说过去的事情我不知道啦！”
　　面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。
　　对于因受伤而久久伫立的空，太一和大和找不到能对她说的话语。
　　接下来，应该在数码世界做些什么才好——
　　在商谈此事的众人面前，缅因猫兽突然现身，之后又消失了。他不知为何残留着原先的记忆，寻找着芽心，含泪彷徨着——
　　看到这副景象，孩子们为了拯救缅因猫兽而对数码世界之旅下定了决心。但，他们的面前却出现了那个驱使黑暗四天王的男人的身影。
　　此时，现实世界的西岛收到了姬川失踪的报告。
　　调查此事的他，查出了姬川至今为止的行动背后隐藏着某个目的。
　　此事还关联着决定了两人命运的过去的某件事……

　　世界的崩溃开始了。
　　暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、
　　用强大的力量进化成了秩序兽。
　　根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。
　　在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。
　　现在太一不在了，能代替他带队的只有大 和。
　　「为了拯救世界，我们还有必须要做的事情！」
　　加布兽的话给大和带来了活力，而亚古兽则坚信太一定会回来。
　　另一方面，恒常性要处置失去控制的秩序兽、
　　并尝试施行干涉现实世界的最终计划。
　　为了阻止毁灭的到来，被选召的孩子们和他们的搭档拼命地战斗。
　　「所有的光芒，都汇聚在了缅因猫兽…」
　　绝望的迪路兽向大家说到。
　　孩子们做出最后决定的时候到了。
　　被选中的孩子们，自己将选择怎样的未来？
　　现在，冒险将再一次进化。

　　在网路上，突然出现了一只数码蛋，这只蛋破壳后，出生了一只数码宝贝，它疯狂地吞噬着整个电力网络系统，给电力网络运行造成了重大影响，而且它不断地进化，食量也越来越大。太一在开始的时候和素娜吵架了，阿和和阿武外出了，美美去玩了，阿助……只有光子郎和太一在，阿武和阿和找到了电脑来支援太一，后来那个数码宝贝又一次进化了！这时候，发生了一件意想不到的事情……

　　幕末时期，维新派在传奇的刽子手拔刀斋绯村剑心（凉风真世 配音）引退后，选出同样具有高超剑术的志志雄真实（池田政典 配音）继续着暗杀任务。在维新即将获得胜利之际，为掩盖种种不可告人的秘密，新政府密谋杀害志志雄。谁知全身遭到重度烧伤的志志雄却从地狱活转，怀着巨大的仇恨制定了“京都破坏计划”，他的手下网罗了四乃森苍紫、濑田宗次郎、宇水、张等一大批高手。与此同时，剑心、京都御庭番众、斋藤、比谷清十郎纷纷行动起来，朝向京都进发。一场决定历史命运的大战即将拉开序幕……
　　本片根据和月伸宏的同名漫画改编。